一是来自业主（保函受益人）的风险。
主要包括银行保函格式风险、银行保函期限管理风险、受益人的能力风险和品行风险。一般情况下，由于业主处于优势地位，在国际工程中的银行保函的格式都是由业主提供的，承包商往往只能按照业主提供的格式申请开立银行保函而很难对银行保函提出自己的意见。
保函作为备用的偿付他人的契约性凭证，决不是一纸无足轻重的空文。在实际工作中，因保函管理不善，很容易给保函申请人造成不必要的损失。例如，为了拿项目、签合同，承包商往往急于申请开具保函，保函开出后该延期而未及时办理延期手续，业主则以担心保函到期失效为借口而在有效期满前就向银行索偿，使承包商处于被动的地位；在保函该减额时而未及时办理减额手续，则造成应减除的责任未及时减除，既面临被业主多索偿的风险，也由此多负担银行担保手续费；在保函到期该撤销时未及时办理撤销手续，则要继续向银行支付担保费用等等。
而对招标人、受益人能力和品行审查的粗疏，是保函申请人面对的最大风险。
对大多数国际建设工程来讲，往往有投资大、建设周期较长的特点。一个项目是否能顺利竣工，从业主方来说，就要看其资金实力和应对市场变化的能力，因为招标合同采用的语言是有利于业主方的语言和解释争议解决的仲裁机构也是业主指定的。承包商所支出的仲裁费用、聘请律师费用、来往交通费用、食宿费用等累加起来也不是一个小的数目，打不赢的可能性大一些，即使打赢了，最终获得的受益与付出的代价相比，恐怕还是零。
二是来自保函申请人的风险。
由于保函背后总有相应的基础合同的存在，银行保函担保的是申请人基础合同的履约行为，所以申请人对于基础合同的履行情况很大程度上决定着保函的索赔风险。来自申请人的风险主要包括中标后拒绝签约、中标后签约后不认真履约、工程完工后迟迟不交竣工资料、质量保修期间不正确履行职责等。如笔者在实务中遇到的一个案例：A公司向国外B公司购买减速机用于在国外承包的工程中。B公司应A公司的要求开立了以A公司为受益人的银行保函，后由于B公司提供的减速机在质保期内屡次损坏，而B公司虽然进行维修，由于其减速机在设计上存在固有的却缺陷，减速机再次损坏，A公司因此遭到业主的索赔。后A公司与B公司在双方协商赔偿事宜的过程中，B公司态度亦很坚硬，A公司遂决定提起银行保函索偿。
另外，从市场的实际来看，建筑市场竞争激烈，处于绝对的买方市场，因而一般不可能发生中标后放弃签约或随意终止履约的情况。信誉、能力等情况均较良好的建筑企业，在市场价格不发生大幅度波动的情况下，一般对其投标价格都会有比较科学合理的计算，所以一般也不可能发生因中标价过低而拒绝履约的情况。但是也有的企业，为中标而不计成本的压低价格，中标后由于物价上涨，导致其反悔，拒绝签署合同从而造成投标保函被没收。银行为了规避来自申请人的风险，一条重要的措施是要求申请人交纳一定比例的保函保证金，保证金比例的高低，主要是依据申请人的资信情况；另一条措施是要求申请人提供反担保。因此银行保函也是需要申请人付出一定代价的，并不仅仅是支付一定的手续费。
三是保函本身执行过程中的风险。
除了上述的几种风险来源，银行保函本身在执行过程中也存在着风险。以预付款保函为例，按国际工程承包的例行做法，合同生效一个月内，业主应向承包商预付一笔款额，通常合同总额的 10%-15%，由于是预付，承包商必须在合同的中期或后期偿还，通常是由工程进度款中扣回。为保证承包商能如数偿还这项预付款，业主要求申请人(承包商)的银行出具等额的担保函，付款的偿还是分批扣还，而预付款保函则是一次性开出，如果保函中未曾写明预付款保函的担保金额，将随保函归还金额而相应减少，则很可能出现预付款已大部分偿还，而保函额不减的局面，业主随时可能全额没收保函，而承包商却不拥有全额预付款（因为很可能在业主没收保函时，承包商已经偿还了部分预付款）。
三、保函的独立付款责任及避免风险的措施
银行保函具有独立于基础合同的特点。一般银行保函都承诺在接到受益人书面索赔通知和所要求的单据后7个工作日内向受益人支付保函中规定的款项。这就是银行作为担保人明确表示独立承担对受益人直接的付款责任，而该付款责任是独立于该保函所涉及的合同之外，形成担保银行与受益人新的法律关系，这种法律关系与保函所涉及的商务合同相互独立，各自独具法律效力平行的法律关系。事实上，银行既无义务也无不能去了解保函申请人是否违约，而只能根据受益人是否提交了与保函要求一致的单据做出判断。有些保函还要求在条款中列明不必提供任何违约证据和索赔理由，银行的赔付行为也不受任何政府部门或任何人的影响和约束，这就更证明保函鲜明的独立担保性质。这无疑给银行带来无理或恶意索赔的潜在风险。运用唯物主义的观点认真分析独立担保与风险的矛盾，采取必要措施，转化或削弱风险还是有可能的。笔者认为可以从以下几个方面考虑采取适当措施防范银行保函风险。
1. 认真审查保函受益人的资信和履约能力、财务状况、施工资质等级、产品市场和产品质量认证等级、公司主要业绩等项，确保其有足够能力完成合同。特别是要对贸易背景、合同条款、保函保证责任及保函期限做严格审查，选择诚信客户和国家重点工程项目。因为此类项目工程管理严格，有监理公司作为第三方参与工程管理，即使出现问题，也容易沟通解决。保函开出后，加强对项目的监督检查工作，及时了解项目进展情况、工程款项的支付、预付款保函按比例减额，及听取受益人对工程质量的意见等，不失为避免风险的一种积极措施。特别是大型工程建设在设备交接、安装调试、质量保证等阶段都要有严格完善的签字验收手续，责任分明，便于及时取得有关证据，减少或消除保函项下风险。尽管银行没有义务和责任判断合同纠纷中的谁是谁非，但也应该尽量争取到对自己有利的证据。
2. 承包商要慎重开保函
在劳务分包和工程分包合同项下出具无条件保函并非国际惯例，特别是私人公司提出这种保函要求要特别慎重，力争不开保函或开有条件保函。在向总包商或业主开具保函的同时，争取总包商或业主以合理比例的外汇现汇做保函风险抵押金，或出具资信良好、能开展国际金融业务的金融机构的反担保，以共担保函风险，建立相互联系又相互制约的经济关系。当然，这要求分包商、总包商、业主的地位处于相对平等的地位，否则，就会受制于总包商或者而业主；对纯劳务的项目应不出具任何保函；如果我方成为总包商，再选择分包商时，要求分包商提供分包项目的经济担保，以保障分包商充分履行自己的义务，同时也可转嫁部分总包商的保函风险。
除了大型工程项目在标书中已经规定的保函格式不允许做任何修改外，在国际贸易项下，因为合同内容不同，条款各异，且无固定保函格式，所以在商务谈判中，可根据实际情况尽可能地的争取加列对申请人有利的条款，以减少保函风险。例如：保证按时发货的履约保函项下可加列收到可接受信用证后该保函生效，如果是受益人派船，则规定因船期延误不得索赔；交货履约加质量保证保函中，可加列提交提单等单据后，保函金额自动减额50%，因为交货责任已经完成。质量检验可由第三方出具检验证书等条款；经国外银行转开有条件保函，我行在承诺对国外银行的付款的同时，必须要求国外银行证实受益人已经提交了符合保函要求的单据，否则，担保银行则承担了对国外转开行无条件见索即付的责任。
3. 强化保函的善后管理
承包商和项目经理部都要重视保函的管理，应指定专人负责管理保函、办理保函的展期、减额、收费和撤销等事宜，把项目的进程和保函的管理紧密联系起来，并纳入项目经理的目标责任制之内，发现问题及时研究解决措施。本文前面提到的A公司在这方面就做的很好，在B公司申请的银行保函快到期而减速机问题尚未解决时，A公司保函管理人员及时汇报保函情况并要求B公司办理了保函展期，这才能最终向银行提出索偿。
银行保函是合同重要组成部分，现在银行保函业务涉及的商业范围很广，所担保的合同不论在内容和形式上都各有不同，保证条款各异，需要企业尽一切可能降低保函风险。为了保证工程的顺利实施，签约后，严格守约是企业风险防范最有效的措施，当然企业也应加强对银行保函的管理，把工程项目的进展与保函管理联系起来，以降低风险、减少损失。